La primera referencia documental encontrada sobre la existencia de una cárcel en Guadalajara capital corresponde al año 1839. El Archivo Municipal custodia un expediente en el que se detalla que se van a llevar a cabo unas obras de rehabilitación en la planta baja del Ayuntamiento donde hubo una cárcel. No era algo exclusivo de la capital. Era frecuente que las Casas Consistoriales, también en los pueblos, tuvieran un lugar de estas características como se puede comprobar en la abundante documentación encontrada en el Archivo Provincial.

El cierre de esta cárcel municipal estaría motivado por la instalación de una prisión en parte de las dependencias del antiguo convento de La Piedad cedidas a la Diputación en el año 1837. Es una circunstancia curiosa porque, según se puede ver en los planos del edificio de 1880, el Instituto de Enseñanza Media Brianda de Mendoza llegó a compartir espacio con este centro penitenciario que ocupó parte del palacio de Antonio de Mendoza. Pronto se quedó pequeño y comenzaron los problemas estructurales y de salubridad del edificio que hicieron a la Diputación Provincial, organismo competente en su gestión, tomar la decisión de construir otras dependencias.

En 1882, la Institución Provincial acuerda no seguir aportando a la construcción de la cárcel modelo de Madrid. Y el 20 de junio de 1883, se publica en el Boletín Oficial de la Provincia (BOP) un anuncio para la construcción de una cárcel de partido, por el procedimiento de subasta pública, según un sistema celular y mixto. Aunque se barajó la posibilidad de situarla en la huerta de Santo Domingo, por su cercanía al Hospital Provincial situado al lado de la actual iglesia de San Ginés, se descarta. La Junta de Reforma de Cárceles Provincial, y en su nombre el gobernador civil Santiago Herranz y Figueroa, compra por 1.750 pesetas un terreno de cuatro fanegas en la calle del Amparo a Rafael Oñama en nombre de la Marquesa de Tejada como dice el contrato de compraventa firmado el 2 de octubre de 1882.

Según otro tipo de documentación que también custodia el Archivo Provincial, será el contratista Pedro Rodríguez Manzano quien se haga con la obra por un valor de 252.591,76 pesetas. De esa inversión, 150.000 pesetas se financió por los 27 ayuntamientos que componían el partido judicial de Guadalajara acuerdo a su número de habitantes en el censo de 1877 como publicó el BOP.

La cárcel provincial se construyó según el proyecto de Vicente García Ron en el año 1887. Y ese mismo año, la Junta de Reforma de Cárceles levanta un acta notarial para la entrega de la instalación a la Diputación Provincial. Allí se trasladaron todos los presos desde el palacio de Antonio de Mendoza donde habían permanecido durante cincuenta años y también la Audiencia de este partido judicial. El jefe político provincial decidió el mismo año conducir al resto de reclusos de otras poblaciones por lo que adquiere el carácter provincial.

En los primeros años del siglo XX, las autoridades penitenciarias comprueban que la capacidad de la prisión de la calle del Amparo es insuficiente para la provincia.

En 1920, había comenzado la urbanización de la Huerta del Carmen del convento de la Epifanía, adquirida por el vecino Ángel Martín Puebla que cedió terreno al Ayuntamiento para este desarrollo urbanístico. Después de descartar un terreno de 2.500 metros cuadrados en el Paseo de Las Cruces, según un documento custodiado por el Archivo Municipal, el 27 de abril de 1925, el Ayuntamiento de Guadalajara cede otro solar de dos mil metros cuadrados al Estado para construir una cárcel modelo o preventiva que acabará denominándose prisión central de mujeres.

La obra se lleva a cabo en 1925 y se atribuye al arquitecto Ramón Cura. La instalación contaba con 75 plazas. Al principio para todo tipo de reclusos y desde el año 1945 solo para mujeres. Este centro estuvo en servicio hasta la década de los setenta, mientras que el de la Amparo se clausuró en 2011.