Rafael Torija de la Fuente nació en Noez (Toledo) el 18 de marzo de 1927. Cursó los estudios sacerdotales en el Seminario de Toledo. Fue ordenado sacerdote el 7 de junio de 1952. Posteriormente, se licenció en Teología y en Sociología en la Pontificia Universidad Gregoriana.
Fue cura de Castilléjar (Granada) y de Riópar (Albacete), pueblos entonces pertenecientes a la Diócesis de Toledo.
A la vez que Coadjutor de la parroquia de Santiago, de Toledo, fue también profesor de Teología Pastoral en el Seminario de Toledo.
Desarrolló una amplia labor como Consiliario Diocesano de la JOC, de la HOAC y de la JEC.
El cardenal Plá y Deniel lo nombró Vicario Episcopal de Pastoral. El cardenal Tarancón lo nombró Vicario General de Pastoral, cargo desde el que organizó el Consejo Presbiteral de la Diócesis.
El 4 de noviembre de 1969 fue nombrado Obispo titular de Ursona (Osuna), auxiliar de Mons. Cirarda en la Diócesis de Santander. Fue consagrado el 14 de diciembre del mismo año.
En 1972 fue nombrado Obispo Delegado de la Comisión Episcopal de Apostolado Seglar y Consiliario General de la Acción Católica.
El día 2 de octubre de 1976, al aceptar el Santo Padre la renuncia de Mons. Hervás al Obispado Priorato nombró para sucederle a Mons. Torija, que tomó posesión el 6 de noviembre del mismo año.
El 4 de febrero de 1980, al elevar a Diócesis la Prelatura Cluniense, fue desvinculado de la Iglesia titular de Dora y nombrado Obispo residencial de Ciudad Real. Conservó el título de Prior de las Órdenes Militares, unido en adelante al Obispo de Ciudad Real.
El día 20 de marzo de 2002 presentó la renuncia, por razones de edad, al gobierno pastoral de la Diócesis de Ciudad Real.
En la CEE ha sido miembro de la Comisión Episcopal de Apostolado Seglar (1972-1981 y 1984-1987); miembro de la Comisión Episcopal de Acción Caritativa (1972-1978; miembro de la Comisión Episcopal de Obispos y Superiores Mayores (1978-1981) y miembro de la Comisión Episcopal de Clero (1984-1993). Además, formó parte de la Comisión Episcopal de Seminarios y Universidades de 1993 a 2008.
Fue Presidente de la Comisión Episcopal de Apostolado Seglar entre 1981 y 1984 y Presidente de la Comisión Episcopal de Seminarios y Universidades de 1993 a 1999.