Fue una gran suerte para el hombre encontrarse con el caballo y conseguir domesticarlo. Aunque por el momento no hay certezas arqueológicas suficientes para concluir dónde, cuándo y el porqué se inició ese proceso, sí sabemos que los hombres han ido transformado genéticamente a los caballos para adecuarlos a sus propósitos y que esa evolución genética equina ha influido en la historia humana.
Como en el caso de los hombres, la mayoría ha tenido una existencia discreta y afanada y solo algunos tienen reservado un hueco en la historia conocida porque hemos encontrado razones suficientes para registrar su recuerdo. Por eso, conocemos a Othar que por donde pasaba no volvía a crecer la hierba. A Bucéfalo que acompañó en su campaña por Asia al macedonio Alejandro. Al cónsul Incitatus. A Babieca que descansa en el monasterio de San Pedro de Cardeña. A Marengo, uno de los caballos favoritos de Napoleón aunque tenía una cuadra con cientos de caballos, y cuyo esqueleto, ironías del destino, se guarda en Inglaterra, en el Museo Nacional del Ejército de Sandhurst. O a Comanche por ser uno de los pocos norteamericanos que sobrevivió a la batalla de Little Bighorn.
Al resto, pues menos. Sin duda nos han ayudado a desplazarnos y a desplegar nuestros buenos y malos modales a mayor velocidad de la que permitían nuestras piernas. Han sido primordiales para la agricultura y la industria por su fuerza y destreza. Por su belleza y nobleza, fuente de inspiración para artistas. Decisivos en la guerra. Contribuciones al progreso del hombre que recoge admirable y minuciosamente Ulrich Raulff en su libro ‘Adiós al caballo’.
La historia genética del caballo doméstico en los últimos 5.000 años se ha presentado recientemente como resultado de una investigación que ha reunido a 120 genetistas, arqueólogos y biólogos evolutivos de más de 80 instituciones de todo el mundo y que puede encontrarse en el repositorio Cordis que difunde los resultados de investigación e innovación de los proyectos financiados por la UE. Su objetivo era aclarar el origen genético y las transformaciones debidas a su relación con los hombres. Para ello, han empleado datos de ADN de 278 subfosiles equinos de los últimos 6.000 años compatible con la secuenciación de 87 genomas de caballos modernos consiguiendo reunir la serie temporal genómica más grande de un organismo no humano.  
Entre los resultados más interesantes, destacarían la constatación de la existencia de dos linajes ahora extinguidos que vivieron en Siberia y en la Península Ibérica hace unos 5.000 años pero que presentan una ascendencia débil en los caballos modernos. Sin embargo, los caballos árabes tuvieron una fuerte influencia genética en el último milenio coincidiendo con la expansión islámica. Seguramente porque, por razones de selección morfológica y funcional, se utilizaron mayoritariamente sementales más agiles y veloces procedentes de Persia, disminuyendo con ello la variabilidad del cromosoma Y. Además, se evidencia el efecto de la reproducción moderna, ya que la diversidad genética mantenida durante milenios disminuyó rápidamente en los últimos 200 años.