La iglesia de San Miguel de Talavera ha sido incluida en la 'Lista roja del Patrimonio' que elabora la Asociación Hispania Nostra por su «terrible estado de abandono y ruina». Así lo especifica la asociación en su página web, donde se puede comprobar la incorporación el pasado 19 de mayo del inmueble, sin protección específica, en este listado que recoge los monumentos nacionales que están en riesgo de desaparición, destrucción o alteración esencial de sus valores.

La iglesia de San Miguel, como detalla Hispania Nostra, es una de las más antiguas de la ciudad de Talavera. Se construyó sobre la muralla del segundo recinto, reutilizando una de sus torres como campanario y era, junto a la de San Clemente, las únicas iglesias de la ciudad con tres ábsides en su cabecera.

De estilo mudéjar, existen referencias sobre la iglesia en textos del siglo XIII y se mantuvo en activo hasta el siglo XVII. En 1855, sin culto y arruinada, pasó a ser un almacén de madera. 

Esta antigua parroquia talaverana llegó a tener bajo su dependencia un colegio de gramáticos y gran influencia en conventos y hospitales cercanos, como el de Santo Domingo o San Juan de Dios. Tal era su importancia en la ciudad, que en su interior se conservaban numerosos enterramientos de nobles y caballeros. Asimismo, personajes relevantes de la historia de España estuvieron muy vinculados a esta parroquia, como Gabriel Alonso de Herrera o Fernando de Rojas.

Actualmente los restos de la iglesia se encuentran «parasitados por diversas construcciones que han troceado la planta» y se desconoce si se conservan restos de las tres naves que conformaban el edificio.

Al estar divididas entre varios propietarios, su estado de conservación es «diverso» y la interpretación del edificio es «complicada», ya que entre las construcciones adosadas a los restos hay algunas en riesgo de derrumbe y los propietarios no han permitido el acceso al interior, y lo mismo ha ocurrido con la vivienda ocupada en el pórtico sur de la iglesia.

En el año 2020 se llevó a cabo una reunión con una de las propiedades para negociar la adquisición parcial del inmueble. En la misma, se acordó realizar una evaluación arqueológica de los restos por parte de la propiedad pero, con la llegada de la pandemia, quedaron paralizadas las negociaciones.

Con anterioridad, entre los años 2018 y 2019, se llevó a cabo la consolidación y puesta en valor de la torre-campanario (de propiedad municipal) y extradós del muro oeste de la iglesia con una inversión aproximada de unos 30.000 euros. Asimismo, entre los años 2016 y 2017 se acometió la reforma del entorno urbano de la plaza de San Miguel.