El Plan Especial de la zona dotacional del Tajo patrocinado por la Universidad para recuperar el resto de la Fábrica de Armas se ocupa también de la recuperación de espacios naturales «que habían estado vedados» para los ciudadanos debido a que formaban parte de una zona de seguridad militar. Para lograrlo, uno de los elementos más importantes es la apertura de una nueva entrada y la prioridad de la circulación peatonal por el interior con un vial público «que permita la integración del río en el conjunto cercano de la ciudad».

El documento considera que «la naturaleza de algunas construcciones» como la central hidráulica de Azumel o el Canal de Carlos III convierten a este espacio en «especialmente adecuado para la aplicación de criterios medioambientales de sostenibilidad» y recuerda que este ha sido «el enfoque» de otras obras anteriores realizadas en el campus de la Fábrica de Armas.

En los jardines, la propuesta advierte que todavía perviven componentes originales y aboga por rehabilitar el mobiliario, «elementos arquitectónicos y trazados» utilizando los mismos criterios que para los edificios ya que «son elementos característicos de la ordenación del conjunto».

Con relación a la vegetación, el documento anima a «salvar el mayor número de árboles» originales estableciendo «criterios muy rigurosos para permitir la tala», entre ellos que «sea evidente que está completamente seco», enfermedad y riesgo de contagio de otros ejemplares o peligro de caída. Los que finalmente sean cortados deberán ser repuestos «por otro de la misma especie» y donde no sea posible será sustituido por otro de «especie similar en talle, porte, régimen de caída de hoja, etc.»

El Plan Especial también se ocupa de introducir medidas para facilitar el acceso a las instalaciones con dos entradas, la de obreros y otra nueva para el tráfico rodado en dirección a la Consejería de Fomento, donde se sitúan los aparcamientos. De todas formas se mantiene el muro perimetral con la función de control y seguridad.

Finalmente se recuerda que todo el saneamiento de la Fábrica de Armas «va a parar a la estación construida en la misma, donde se produce su depuración antes de ser reutilizadas, no conectando con la red de saneamiento municipal en ningún punto», por lo que le quitan a la ciudad un problema.