Las pinturas del Greco no solamente estuvieron expuestas a los bombardeos y el saqueo en Toledo y los municipios de su entorno durante la Guerra Civil. También el Museo del Prado, propietario de la mejor colección de obras del artista en España, tuvo que enfrentarse a la amenaza de los proyectiles. Por si ese temor no fuera suficiente, a partir de noviembre de 1936 se le uniría una responsabilidad de dimensiones tan grandes como difíciles de predecir: la obligación de trasladar a Valencia, nueva sede del Gobierno republicano, sus principales tesoros artísticos. Fue el origen de una peripecia que no finalizaría hasta 1939, cuando estas grandes pinturas -entre ellas obras del Greco como La Trinidad y El caballero de a mano en el pecho- fueron conducidas a Suiza y mostradas en una exposición que coincidió con la derrota de la República y los primeros momentos de la dictadura franquista.

El traslado de las pinturas, iniciado en noviembre de 1936, no resultó precisamente sencillo. Serían enviadas a Valencia en sucesivos convoyes, proceso del que se conservan anécdotas como el azaroso cruce del río Jarama por parte de Las Meninas a su paso por Arganda del Rey (la pintura era tan grande que chocaba con la estructura superior del puente, de manera que fue necesario trasladar el cuadro manualmente). Timoteo Pérez Rubio, presidente de la Junta del Tesoro Artístico, fue el principal responsable de los envíos, labor que sería enormemente criticada por autores como Salvador de Madariaga y Gregorio Marañón, quienes le acusaban de poner innecesariamente en peligro el patrimonio español. Una vez en Valencia, las pinturas de mayor valor fueron depositadas en las Torres de Serrano. Conforme se producía el avance de las tropas franquistas por el sur de Aragón, los cuadros continuaron su viaje en dirección a Cataluña. Allí fueron almacenados en los castillos de Peralada y Figueras (Gerona), así como en una mina de talco acondicionada en La Vajol, muy próxima a la frontera francesa.

Según iban reduciéndose las opciones del Gobierno republicano, fueron surgiendo voces a favor de la protección de las pinturas por parte de la Sociedad de Naciones. Tras complejas negociaciones, en buena medida mantenidas al margen de las autoridades españolas, que se negaban rotundamente a que las pinturas salieran de España, fue finalmente constituido un comité internacional que oficializaría su protección y cuyo presidente fue el pintor José María Sert (1874-1945). Dentro de las gestiones iniciales desempeñó un importante papel E. Foundoukidis, secretario general de la Oficina Internacional de Museos, quien justo diez años atrás había dedicado un artículo en la revista Formes al Museo de San Vicente de Toledo.

La cesión de las obras de arte a la Sociedad de Naciones se materializó a comienzos de febrero de 1939 con la firma del Tratado de Figueras. Por delante quedaba la evacuación de las pinturas en dirección a Suiza, viaje que tampoco estuvo exento de problemas.

Una vez en Ginebra, el contenido de las cajas españolas -título de un brillante documental de Alberto Porlán dedicado a reconstruir este proceso- fue recuperado. Timoteo Pérez Rubio recibió como pago por sus servicios a España la humillación y el desentendimiento, teniendo que ser mantenido en Ginebra por el embajador mexicano en Suiza, Isidro Fabela.

Las autoridades franquistas, cuyo fin era recuperar cuanto antes las obras de arte, no pudieron evitar que se realizase una exposición que ya había estado en la cabeza de Manuel Azaña y para cuya instalación se constituyó un comité hispano-suizo cuyos representantes por parte de nuestro país fueron el arquitecto Pedro Muguruza y el pintor Ángel Fernández Sotomayor, exdirector del Museo del Prado. El montaje de esta exposición, según ha recogido Arturo Colorado Castellary, enfrentó a los españoles -partidarios de presentar la muestra como exaltación patria- y a los suizos, quienes pretendían apostar por una concepción integral de las diferentes escuelas del museo madrileño. Los delegados franquistas impusieron su planteamiento ante la amenaza de suspender la exposición.

Les Chefs d’oeuvre du Musée du Prado fue inaugurada el 1 de junio de 1939 en el Musée d’Art et d’Histoire de Ginebra. Sus 174 cuadros ocuparon nada menos que quince salas, de las cuales dos estuvieron dedicadas al Greco. El catálogo de la muestra, ilustrado con el emblema de la ciudad junto al águila de San Juan, recogió veinticuatro obras del pintor, entre ellas varias procedentes del Escorial y el San Ildefonso de Illescas. Pese a la fría publicidad por parte de las autoridades franquistas, la exposición tuvo un éxito rotundo, con alrededor de 400.000 visitantes. The New York Times la calificó como el principal acontecimiento cultural de Europa celebrado ese verano.

El regreso de las pinturas a España fue menos dulce: una parte del trayecto, en tren, tuvo que ser realizado con las luces apagadas por temor a nuevos bombardeos: Acababa de comenzar la Segunda Guerra Mundial.